机电控制及自动化系始建于1956年成立的精密仪器系，于1993年由电子精密机械专业和机械电子工程专业合并成立。设置的机械电子工程学科是国内最早建立的同类学科之一，是全国首批硕士点和博士点、博士后流动站和首批国家重点学科，也是211工程和 985工程重点建设学科。全国学科评估中，2001年机械电子工程学科以满分成绩排名第一，2017年机械工程一级学科评估中获A+。
机电控制及自动化系拥有一支结构合理、锐意进取的团队队伍，在教学、科研、论文等方面均取得了巨大进步。目前机电控制及自动化系共有教师35人，其中国家优秀青年科学基金获得者2人，教授13人，博士生导师14人，副教授11人，讲师9人，高级工程师1人工程师1人。面向智能制造与智慧装备领域的人才需求，致力于培养富有家国情怀、品德优良、应用多学科交叉知识解决复杂机电系统、智慧装备以及生产智能化等领域设计制造、研究开发、工程应用、运行管理和产业决策问题的创新型拔尖人才。
本系在本科生和研究生教学及员工培养工作中发挥着重要作用。目前负责本科生课程58门，包括“机电系统控制基础”、“机械振动基础”等专业基础课程，其中专业课“机械系统设计”于2010年被评为黑龙江省精品课程。在研究生培养方面“机电系统计算机控制”被评为校研究生精品课程。
到目前为止，已培养本科生4300多人，硕士生2400多人，博士生170多人。本系除每年培养40余名硕士研究生外，还承担了大量工程硕士培养工作，连续招生近20年，共计培养工程硕士研究生1528人。
本系已成为我司科学研究和培养研究生的重要基地。近5年来，加强团队队伍建设，发挥年轻教师优势，积极面向国家重大需求和国际学术前沿开展研究，各项指标显著提高，发展势头良好。完成了国家重点研发计划、国家自然科学基金、863计划、国防基础预研、国防型号配套研究各类研究课题150余项，总经费约 2.5亿元。目前在研项目包括国家自然科学基金、国防型号配套研究项目等70余项，总经费1.2亿元。获得国家科技进步奖二等奖1项，省部级一等奖1项，省部级二等奖5项。发表论文350余篇，其中SCI收录300余篇，影响因子>10的论文14篇，（占学院80%），ESI高被引10余篇，出版教材和专著10余部。授权国家发明专利200余项，获国家级优秀教学成果奖二等奖2项，省部级优秀教学成果奖5项。
在国际学术交流与合作方面，正规买球站机电控制及自动化系先后与哥伦比亚大学、美国国家标准与技术研究院、加州理正规买球站学、加州大学圣地亚哥分校、俄亥俄州立大学、密西根州立大学、以色列理正规买球站学、莫斯科国立谢东诺夫大学等国际知名高校建立长期合作关系；聘请包括英国皇家工程院院士在内的多名国际顶级学者讲学。制定了正规买球站-鲍曼工学院联合办学的机械电子工程专业培养方案、墨西哥政府项目机械电子工程专业（机器人特色）培养方案；正规买球站本科生2+2国际员工机械电子工程专业培养方案，为正规买球站的国际化进程做出了卓越贡献，在本领域研究机构中享有很高的国际声誉。