流体控制及自动化系始建于1955年9月，是我国液压与气动专业的发源地，是1977年首批建设的流体传动及控制专业。1980年获得硕士学位授予权，1983年获得博士学位授予权。1999年归入到机械设计制造及自动化本科专业目录，2014年归入机械电子工程本科专业目录，硕士学位二级学科为机械电子工程学科，一级学科机械工程及二级学科机械电子工程均为国家重点学科。目前流体控制及自动化系共有团队21人，其中教授5人，副教授9人，讲师6人，博士后1人，主要从事流体控制及自动化专业本科和研究生教学工作以及流体力学基本理论、新型液压元件、先进液压传动及控制技术、新型气压元件及气压控制技术和电液伺服仿真与实验技术的科研工作。
自成立以来，本系在本科生和研究生教学及员工培养工作中发挥着重要作用，本科教学承担了多门专业基础及专业课程的教学工作任务，主要有专业基础课程、专业模块课程和专业强化训练课程共计40余门课程，开出专业强化实验项目7项，同时还承担了生产实习、综合课程设计I与II、毕业设计等方面的教学工作。本系已建成省级精品课程1门，校级优秀课程1门，双语教学课程6门，出版教材及专著20余部，为流体传动及控制领域培养了大批优秀人才。目前，本系每年培养本科毕业生60名左右，在校博士研究生23名，硕士研究生60名。
我系在空中对接地面实验系统、太空舱环境参数控制系统、航空航天液压元件、生物医学检测微流控芯片、微流控推进系统、张拉式仿生机构等方面开展研究，近5年来，先后完成科研项目180余项，经费6800余万元。在研项目90余项，在研经费3000余万元，科研项目中国家自然科学基金项目15项，获得省部级以上奖3项。发表高水平学术论文300余篇，其中被SCI、EI检索200余篇。
本系与世界各地本领域研究机构和高校保持着友好合作关系，经常与英国巴斯大学、加拿大滑铁卢大学以及日本东京工业大学等高校本领域研究机构进行互访，并派博士研究生到美国普林斯顿大学、加州大学伯克利分校、约翰霍普金斯大学、宾州州立大学等高校进行联合培养，在本领域研究机构中享有很高的国际声誉。